Our research group, led by Tom van der Valk, aims to generate a novel bioinformatic pipeline that will allow users to taxonomically classify shotgun sequencing data, with a special focus on taxa with large-genomes. Currently, most metagenomic softwares and tools specialise on microbial species given that they usually have much smaller genomes. We want to make eukaryote metagenomics more accessible with a user-friendly pipeline.
At the same time, I will be benchmarking the approach with a Sweden-wide dataset from the Insect Biome Atlas project (IBA). Our collaborators at IBA are processing metabarcoding data, while I work on the metagenomics portion. We aim to compare both approaches and publish our findings soon.
At the same time, I will be benchmarking the approach with a Sweden-wide dataset from the Insect Biome Atlas project (IBA). Our collaborators at IBA are processing metabarcoding data, while I work on the metagenomics portion. We aim to compare both approaches and publish our findings soon.
In the summer of 2023, I attended EMPSEB - the European Meeting for PhD Students in Evolutionary Biology - and presented this project. I was voted best talk by my fellow PhD students and won a week-long holiday for six people in Spain sponsored by AllGenetics!! See below for a picture of my presentation.
I have had the opportunity to present several posters about this project in 2023, see below for a picture of my latest poster, presented at the SciLife Science Summit in Stockholm in September!
I have had the opportunity to present several posters about this project in 2023, see below for a picture of my latest poster, presented at the SciLife Science Summit in Stockholm in September!
Nuestro grupo de investigación, liderado por Tom van der Valk, tiene como meta generar un flujo de trabajo bioinformático que permitirá a usuarios la clasificación taxonómica de datos de sequenciación "shotgun" con especial atención a especies con genomas grandes. Actualmente, la mayoría de las herramientas y softwares para metagenómica se especializan en especies microbianas ya que poseen genomas más pequeños.
Al mismo tiempo, conduciré una evaluación de nuestra estrategia con un conjunto de datos de secuenciación colectados en todo Suecia por el Insect Biome Atlas project (IBA). Nuestros colaboradores de IBA están procesando los datos "metabarcoding" mientras yo trabajo en la porción metagenómica. Queremos comparar ambas estrategias y publicar nuestros hallazgos pronto.
En el verano del 2023 participé en EMPSEB, en Escocia (European Meeting for PhD Students in Evolutionary Biology) y presenté este proyecto. Mi plática fue elegida por mis compañerxs como la mejor plática y me gané un premio de una semana en España para seis personas, patrocinado por AllGenetics!! Vea arriba para una foto de la presentación.
He tenido la oportunidad de presentar varios carteles sobre este proyecto en el año 2023. Vea arriba para el cartel más reciente que presenté en el SciLife Science Summit en Septiembre!
Al mismo tiempo, conduciré una evaluación de nuestra estrategia con un conjunto de datos de secuenciación colectados en todo Suecia por el Insect Biome Atlas project (IBA). Nuestros colaboradores de IBA están procesando los datos "metabarcoding" mientras yo trabajo en la porción metagenómica. Queremos comparar ambas estrategias y publicar nuestros hallazgos pronto.
En el verano del 2023 participé en EMPSEB, en Escocia (European Meeting for PhD Students in Evolutionary Biology) y presenté este proyecto. Mi plática fue elegida por mis compañerxs como la mejor plática y me gané un premio de una semana en España para seis personas, patrocinado por AllGenetics!! Vea arriba para una foto de la presentación.
He tenido la oportunidad de presentar varios carteles sobre este proyecto en el año 2023. Vea arriba para el cartel más reciente que presenté en el SciLife Science Summit en Septiembre!
