Our research group, led by Tom van der Valk, aims to generate a novel bioinformatic pipeline that will allow users to taxonomically classify shotgun sequencing data, with a special focus on taxa with large-genomes. Currently, most metagenomic softwares and tools specialise on microbial species given that they usually have much smaller genomes. We want to make eukaryote metagenomics more accessible with a user-friendly pipeline.
At the same time, I will be benchmarking the approach with a Sweden-wide dataset from the Insect Biome Atlas project (IBA). Our collaborators at IBA processed the metabarcoding data, while I work on the metagenomics portion. Our first manuscript, which compares the metabarcoding and metagenomics findings, as well as explores the population genomics possibilities of the data, is currently under revision.
The video below is of my talk at the IBA Symposium "Understanding and monitoring insect diversity: the environmental DNA revolution; Insights from the Insect Biome Atlas" in October, 2024 (an impending cold meant I had to wear a mask to avoid putting attendees at risk).
At the same time, I will be benchmarking the approach with a Sweden-wide dataset from the Insect Biome Atlas project (IBA). Our collaborators at IBA processed the metabarcoding data, while I work on the metagenomics portion. Our first manuscript, which compares the metabarcoding and metagenomics findings, as well as explores the population genomics possibilities of the data, is currently under revision.
The video below is of my talk at the IBA Symposium "Understanding and monitoring insect diversity: the environmental DNA revolution; Insights from the Insect Biome Atlas" in October, 2024 (an impending cold meant I had to wear a mask to avoid putting attendees at risk).
In the summer of 2023, I attended EMPSEB - the European Meeting for PhD Students in Evolutionary Biology - and presented this project. I was voted best talk by my fellow PhD students and won a week-long holiday for six people in Spain sponsored by AllGenetics!! See below for a picture of my presentation and a picture of my visit to their headquarters.
I have had the opportunity to present several posters about this project in 2023, as I was practicing my visual science communication skills (thank you Visualise your Science!). Below are three posters I presented at different conferences.
In 2024, I took a 6 month long (one weekend sessions every month) wildlife tracking course with Learn the Land, to learn how to find tracks and be able to collect environmental samples we could then use for DNA studies. It was a fantastic experience, and I was able to collect samples from snow-prints of various wildlife such as eagles, foxes, martens, wolves, wolverines, badgers and more. See below for some pictures of the course/prints.
Eagle print
Moose print
Adult brown bear print (note the claws!)
Cub brown bear
Sampling wolvering prints
Sampling badger prints in knee-deep snow
Shedded snake skin, another source of non-invasive DNA
Eagle print
Moose print
Adult brown bear print (note the claws!)
Cub brown bear
Sampling wolvering prints
Sampling badger prints in knee-deep snow
Shedded snake skin, another source of non-invasive DNA
Nuestro grupo de investigación, liderado por Tom van der Valk, tiene como meta generar un flujo de trabajo bioinformático que permitirá a usuarios la clasificación taxonómica de datos de sequenciación "shotgun" con especial atención a especies con genomas grandes. Actualmente, la mayoría de las herramientas y softwares para metagenómica se especializan en especies microbianas ya que poseen genomas más pequeños.
Al mismo tiempo, conduciré una evaluación de nuestra estrategia con un conjunto de datos de secuenciación colectados en todo Suecia por el Insect Biome Atlas project (IBA). Nuestros colaboradores de IBA procesaron los datos "metabarcoding" mientras yo trabajo en la porción metagenómica. Nuestro primer manuscrito, que compara los resultados de metabarcoding y metagenómica y explora las posibilidades de los datos para realizar genómica de poblaciones, está actualmente bajo revisión.
El enlace al video que se ve arriba es de mi plática en el simposio del IBA en Octubre del 2024 (me encontraba resfriada y para reducir el riesgo a lxs otrxs participantes, usé una mascarilla).
En el verano del 2023 participé en EMPSEB, en Escocia (European Meeting for PhD Students in Evolutionary Biology) y presenté este proyecto. Mi plática fue elegida por mis compañerxs como la mejor plática y me gané un premio de una semana en España para seis personas, patrocinado por AllGenetics!! Vea arriba para una foto de la presentación y abajo para una foto de mi visita a sus instalaciones (nota en su blog)
He tenido la oportunidad de presentar varios carteles sobre este proyecto en el año 2023 ya que estaba desarrollando mis habilidades en comunicación visual de la ciencia (gracias Visualize your Science!). Vea arriba para tres carteles que presenté en diferentes conferencias.
En el 2024 tomé un curso de traqueo de vida silvestre de 6 meses (un fin de semana cada mes), con Learn the Land, para aprender a encontrar huellas y colectar muestras ambientales e investigar el ADN. Fue una experiencia fantástica, y pude colectar muestras de animales silvestres como águilas, zorros, martas (Martes martes), lobos, glotones (Gulo gulo), tejones y más. Vea arriba para fotografías del curso y de algunas huellas.
Al mismo tiempo, conduciré una evaluación de nuestra estrategia con un conjunto de datos de secuenciación colectados en todo Suecia por el Insect Biome Atlas project (IBA). Nuestros colaboradores de IBA procesaron los datos "metabarcoding" mientras yo trabajo en la porción metagenómica. Nuestro primer manuscrito, que compara los resultados de metabarcoding y metagenómica y explora las posibilidades de los datos para realizar genómica de poblaciones, está actualmente bajo revisión.
El enlace al video que se ve arriba es de mi plática en el simposio del IBA en Octubre del 2024 (me encontraba resfriada y para reducir el riesgo a lxs otrxs participantes, usé una mascarilla).
En el verano del 2023 participé en EMPSEB, en Escocia (European Meeting for PhD Students in Evolutionary Biology) y presenté este proyecto. Mi plática fue elegida por mis compañerxs como la mejor plática y me gané un premio de una semana en España para seis personas, patrocinado por AllGenetics!! Vea arriba para una foto de la presentación y abajo para una foto de mi visita a sus instalaciones (nota en su blog)
He tenido la oportunidad de presentar varios carteles sobre este proyecto en el año 2023 ya que estaba desarrollando mis habilidades en comunicación visual de la ciencia (gracias Visualize your Science!). Vea arriba para tres carteles que presenté en diferentes conferencias.
En el 2024 tomé un curso de traqueo de vida silvestre de 6 meses (un fin de semana cada mes), con Learn the Land, para aprender a encontrar huellas y colectar muestras ambientales e investigar el ADN. Fue una experiencia fantástica, y pude colectar muestras de animales silvestres como águilas, zorros, martas (Martes martes), lobos, glotones (Gulo gulo), tejones y más. Vea arriba para fotografías del curso y de algunas huellas.