Samantha López Clinton

Bioinformatics and genetics PhD student

About


(Para versión en español, vea abajo)

Hi! 

My name is Samantha (my pronouns are she/her) and I am currently a PhD student at the Swedish Museum of Natural History, Stockholm University and the Centre for Palaeogenetics. I form part of the research group led by Tom van der Valk. During my PhD, I develop new computational pipelines for biodiversity monitoring with both contemporary and ancient mixed samples (bulk and environmental DNA).

In 2015, while studying my Biology BSc degree in Mexico City (at Universidad Autónoma Metropolitana, Unidad Xochimilco), I was awarded a scholarship by Field Projects International to attend a Tropical Biology and Primatology Field Course at the Los Amigos Biological Station in the Peruvian Amazon. I immediately fell in love with the rainforest and their research and promptly joined their team as a volunteer.

As the years went on, I became more involved in this research and received field and laboratory training. I started going to Peru as a field and lab manager, training research assistants in primate follows, sample collection and laboratory techniques. In 2018 I moved to Peru for five months to become senior manager of the first molecular field laboratory in the Amazon Rainforest, the Green Lab. Today, I am an Associate Research Scientist with FPI.

I finished my MSc in Evolutionary Biology at Uppsala University in 2022, where I formed part of the research group led by Katerina Guschanski. During this time I developed a SNP panel to genotype saddleback and emperor tamarins using high and low quality DNA samples and for use with both Nanopore and Illumina sequencing. Both Guschanski and Mrinalini Watsa supervised this project and we hope to publish our findings soon. 
Dr. Mrinalini Watsa and myself observing wildlife in Peru. Dra Mrinalini Watsa y yo observando vida silvestre en Peru. Photo credit: Ishaan Raghunandan.
Research interests
  • Bioinformatics
  • Conservation genomics
  • Field genomics
  • Non-invasive/bulk/environmental samples
  • Reproducibility
  • Science communication and outreach
Inclusion statement - science is for everyone
It is my firm belief that everyone, regardless of age, gender, sexual orientation, race, cultural background, socio-economic status or ability deserves to be treated with dignity. I aim to always work toward inclusion in science, particularly for historically excluded minorities. I am co-chair of the Inclusion Diversity Equity and Accessibility Task Force of the Society for Molecular Biology and Evolution. Please feel free to reach out if you are from a historically excluded minority and think I can do something to help you or your scientific career.

Publications


Parasite and microbiome comparisons between captive and wild primates


G Erkenswick, M Watsa, A Pomerantz, DJ Park, S Cave, A Schmitt, D Rudin, A Viñas-Martínez, M Paz-Mendoza, J Chen, Y Khadpekar, NW Pilfold, S López Clinton, M McElroy, J Brack, D Dainko, S Prost

(In prep)


A novel SNP panel for genotyping tamarins using field-friendly technologies and both high and low quality DNA


López Clinton S, Voyt R, Jensen A, Erkenswick G, Rogers J, Muthuswamy R, Guschanski K, Watsa M

(In prep)


Cheetah and tamarin SNP genotyping under field conditions using Nanopore technologies


Prost S, López Clinton S, Voyt R, Guschanski K, Watsa M

(In prep)


Madre de Dios botanical DNA barcode reference library


V Swamey, M Watsa, G Erkenswick, S López Clinton, D Coayla, M Paz Mendoza

(In prep)


Chimerism detection in various tide types with SNP genotyping panel in two species of free-ranging tamarins


Voyt R, López Clinton S, Jensen A, Erkenswick G, Rogers J, Muthuswamy R, Guschanski K, Watsa M

(In prep)


View all

Projects


Eukaryote Metagenomics


I explore the use of terabyte-scale databases and taxonomic classification software on metagenomic shotgun sequencing data.


Science communication - Talks


Science communication talks on DNA, primates and life in the field.


In situ genotyping of tamarins in southeastern Peru


Developing an genotyping tool for individual identification of saddleback and emperor tamarins using non-invasive and invasive samples, and both Illumina and Nanopore sequencing platforms.


Science communication - Foldscope workshops


Explorers of the Microcosmos - self designed and imparted workshops on microorganisms and microscopy using Foldscopes.


Tamarin colour vision


Behavioural and genetic research on colour vision polymorphisms of saddleback and emperor tamarins.


View all

Acerca de


¡Hola!

Mi nombre es Samantha (mis pronombres son ella/la) y soy estudiante de doctorado en bioinformática y genética en el Museo de Historia Natural de Suecia, la Universidad de Estocolmo y el Centro para la Paleogenética. Formo parte del grupo de investigación liderado por Tom van der Valk. Durante mi doctorado desarrollo nuevos flujos de trabajo computacionales para el monitoreo de biodiversidad con muestras mixtas, tanto contemporáneas como antiguas (ADN ambiental o tipo "bulk").

En el 2015, mientras estudiaba la licenciatura de Biología en la Ciudad de México (en la Universidad Autónoma Metropolitana, Unidad Xochimilco), gané una beca de Field Projects International para un curso de Biología Tropical y Primatología en la Estación Biológica Río Los Amigos en la Amazonía peruana. Me enamoré de inmediato con la selva y la investigación que se hacía ahí y me uní al equipo de FPI como voluntaria.

Con el paso de los años me involucré más y más en los proyectos de investigación y recibí entrenamiento de campo y laboratorio. Empecé a viajar a Perú como manager de campo y laboratorio, donde entrenaba asistentes en seguimiento de primates, colecta de muestras y técnicas de laboratorio. En el 2018 me mudé a Peru durante cinco meses para ser la principal encargada del primer laboratorio molecular de campo en la selva Amazónica, el Green Lab. Hoy en día soy Investigadora Asociada de FPI.

Terminé mi maestría en biología evolutiva en el 2022 en la Universidad de Uppsala, donde formé parte del grupo de investigación liderado por Katerina Guschanski. Durante este tiempo desarrollé un panel de SNPs para genotipar pichicos comunes y emperador usando ADN de alta y baja calidad y para uso con tecnología de secuenciación Illumina y Nanopore. El proyecto fue supervisado por Guschanski y Mrinalini Watsa.
Photo credit: Ishaan Raghunandan.
Intereses de investigación
  • Bioinformática
  • Genómica aplicada a la conservación
  • Genómica de campo
  • Muestreos no-invasivos, bulk, y ambientales
  • Reproducibilidad
  • Divulgación científica
Declaración de inclusión - la ciencia es para todxs

Creo firmemente que todxs, sin importar edad, género, orientación sexual, raza, contexto cultural, estatus socio-económico o habilidad merecen ser tratadx con dignidad. Siempre intento trabajar por la inclusión en la ciencia, particularmente para minorías históricamente excluidas. Soy co-líder del grupo operativo para la Inclusión Diversidad Equidad y Accesibilidad de la Sociedad para la Biología Molecular y Evolución. Por favor siéntete libre de comunicarte conmigo si perteneces a una minoría históricamente excluida y crees que te puedo ayudar en algo a ti o a tu carrera científica.

Contact


Samantha López Clinton

Bioinformatics and genetics PhD student



Department of Bioinformatics and Genetics

Swedish Museum of Natural History


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