Samantha López Clinton


Evolutionary biologist

In situ genotyping of tamarins in southeastern Peru


(Para version en español, vea abajo)

MSc thesis research project co-supervised by Dr. Mrinalini Erkenswick Watsa and Dr. Katerina Guschanski at Uppsala University.
Aims:
  • To develop an in situ genotyping tool using SNPs to individually identify saddleback and emperor tamarins using non-invasive samples and the MinION portable sequencer (ONT).
  • To make the pipeline widely available and adaptable to other species and make conservation genetics studies more accessible, particularly for habitat country researchers.
  • To reduce the time between research and conservation decision-making by optimizing the SNP set for use in the field.

Below you'll find a poster describing the research proposal for this project. The poster was presented at the internal symposium "The Revolution" of the Animal Ecology Department at Uppsala University in February 2021 and was voted "best poster"!

Genotipificación in situ de pichicos en el sureste de Peru


Projecto de tesis de maestría co-supervisado por la Dra. Mrinalini Erkenswick Watsa y la Dra. Katerina Guschanski en la Universidad de Upsala.

Objetivos:
  • Desarrollar una herramienta de genotipificación in situ usando SNPs (polimorfismos de nucleótido único) para identificar individuos de pichico común y emperador usando muestras no-invasivas y el secuenciador portable MinION (ONT).
  • Poner el proceso de obtención de la herramienta a disposición de otros para que pueda ser adaptable a otras especies y con ello hacer más accesibles los estudios genéticos aplicados a la conservación, particularmente para investigadorxs de países hábitat.
  • Ayudar a reducir el tiempo entre investigación y la toma de decisiones de acciones de conservación al optimizar el set de SNPs para su uso en campo.
Arriba se encuentra un cartel científico que describe la propuesta de investigación para este proyecto. Presenté este cartel en el simposio interno del departamento de Ecología Animal en la Universidad de Upsala llamado "The Revolution" en Febrero del 2021. El cartel ganó el premio de "mejor cartel"!